Das Wort ist eine Verkleinerungsform des Begriffs „Haken“ und wird daher richtig „Häkchen“ geschrieben. Ein weiteres Indiz für diese Schreibweise ist die Tatsache, dass das „Häkchen“ (ebenso wie übrigens auch ein größerer „Haken“) lang ausgesprochen wird. Würde es mit „ck“ geschrieben, würde das eine kurze Aussprache bedingen.
Zudem hätte ein „Häckchen“ eine ganz andere Bedeutung. Ein „Häckchen“ würde bedeuten, dass es eine Verkleinerungsform von „Hack“ wäre. Also eine kleinere Portion Hackfleisch, oder ggf. auch ein kleines Hackebeil. Das ist damit aber nicht gemeint. Im Übrigen ist ein „Häckchen“, so wie es dann gemeint sein müsste, im deutschen Sprachgebrauch überhaupt nicht vorhanden.